Özgün Araştırma

Rekombinasyon Sonrası Theileria annulata Popülasyonlarında Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesinde Kullanılacak Markerlerın Seçimi

10.5152/tpd.2017.4970

  • Hüseyin Bilgin Bilgiç
  • Ahmet Hakan Ünlü
  • Ayça Aksulu
  • Serkan Bakırcı
  • Selin Hacılarlıoğlu
  • Hasan Eren
  • William Weir
  • Tülin Karagenç

Gönderim Tarihi: 17.06.2016 Kabul Tarihi: 21.12.2016 Turkiye Parazitol Derg 2017;41(1):9-18

Amaç:

Theileria annulata popülasyonlarında rekombinasyon sonrası oluşacak genetik çeşitliliğin ve rekombinasyonun yoğun olduğu kromozomal bölgelerin tespit edilmesi amacıyla kullanılacak polimorfik mini ve mikrosatellite markerlerin belirlenmesidir.

Yöntemler:

Markerlerin belirlenmesi amacıyla Unipro UGENE programı kullanılmıştır. T. annulata’nın rastgele karıştırılmış genomik dizilimlere göre gerçek DNA diziliminde 10 kat fazla tandem tekrar (TR) belirleyen skor, eşik değer olarak belirlenmiştir. Tekrarlı motif benzerliği %96-100 arasında bulunan, minimum tekrar sayısı en az üç ve minimum tandem boyutu minisatellite bölgeler için en az üç nükleotid ve mikrosatellite bölgeler için en az altı nükleotid olan TR’ler suffix array algoritması kullanılarak tüm genom boyunca taranmıştır.

Bulgular:

Tarama sonrası 359 minisatellite ve 8973 mikrosatellite bölge belirlenmiştir. TR’ler tüm genom boyunca tek tek taranarak; T. annulata’nın kromozomları üzerindeki yerleşim yerlerine, motiflerin benzerliğine (>%96), tekrar sayıları ile tek bölgeyi temsil etmesine, bölgelerin uzunluklarına (<1500 bp) ve primer tasarlanmaya uygun korunmuş bölgeler içermesine bakılarak mini ve mikrosatellite bölgeler belirlenmiştir. Belirlenen bölgeleri çoğaltmada kullanılacak primerler, korunmuş bölgelerden tasarlanmış ve her bir primer, T. annulata’nın farklı izolatları kullanılarak değerlendirilmiştir.

Sonuç:

Bu çalışmada, T.annulata popülasyonlarındaki çeşitliliğinin belirlenmesi amacıyla daha önce belirlenen markerlere ilave olarak kullanılabilecek, farklı kromozomlar üzerinde bulunan toplam 13 mini ve mikrosatellite marker seçilmiştir.

Anahtar Kelimeler: Theileria annulata, rekombinasyon, satellit marker