E-ISSN 2146-3077
Özgün Araştırma
Rekombinasyon Sonrası Theileria annulata Popülasyonlarında Genetik Çeşitliliğin Belirlenmesinde Kullanılacak Markerlerın Seçimi
1 Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Parazitoloji Anabilim Dalı, Aydın, Türkiye  
2 Yüzüncü Yıl Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Gevaş Meslek Yüksek Okulu, Veterinerlik Bölümü, Van, Türkiye  
3 Glasgow Üniversitesi Tıp Fakültesi, Veteriner ve Doğa Bilimleri, Biyoçeşitlilik, Hayvan Sağlığı ve Karşılaştırmalı Tıp Enstitüsü, Glasgow, İngiltere  
Turkiye Parazitol Derg 2017; 41: 9-18
DOI: 10.5152/tpd.2017.4970
53 kez okundu, 33 kez indirildi

Anahtar Kelimeler: Theileria annulata, rekombinasyon, satellit marker
Özet

Amaç: Theileria annulata popülasyonlarında rekombinasyon sonrası oluşacak genetik çeşitliliğin ve rekombinasyonun yoğun olduğu kromozomal bölgelerin tespit edilmesi amacıyla kullanılacak polimorfik mini ve mikrosatellite markerlerin belirlenmesidir.

 

Yöntemler: Markerlerin belirlenmesi amacıyla Unipro UGENE programı kullanılmıştır. T. annulata’nın rastgele karıştırılmış genomik dizilimlere göre gerçek DNA diziliminde 10 kat fazla tandem tekrar (TR) belirleyen skor, eşik değer olarak belirlenmiştir. Tekrarlı motif benzerliği %96-100 arasında bulunan, minimum tekrar sayısı en az üç ve minimum tandem boyutu minisatellite bölgeler için en az üç nükleotid ve mikrosatellite bölgeler için en az altı nükleotid olan TR’ler suffix array algoritması kullanılarak tüm genom boyunca taranmıştır.

 

Bulgular: Tarama sonrası 359 minisatellite ve 8973 mikrosatellite bölge belirlenmiştir. TR’ler tüm genom boyunca tek tek taranarak; T. annulata’nın kromozomları üzerindeki yerleşim yerlerine, motiflerin benzerliğine (>%96), tekrar sayıları ile tek bölgeyi temsil etmesine, bölgelerin uzunluklarına (<1500 bp) ve primer tasarlanmaya uygun korunmuş bölgeler içermesine bakılarak mini ve mikrosatellite bölgeler belirlenmiştir. Belirlenen bölgeleri çoğaltmada kullanılacak primerler, korunmuş bölgelerden tasarlanmış ve her bir primer, T. annulata’nın farklı izolatları kullanılarak değerlendirilmiştir.

 

Sonuç: Bu çalışmada, T.annulata popülasyonlarındaki çeşitliliğinin belirlenmesi amacıyla daha önce belirlenen markerlere ilave olarak kullanılabilecek, farklı kromozomlar üzerinde bulunan toplam 13 mini ve mikrosatellite marker seçilmiştir.

Anahtar Kelime
Yazarlar
Tümü
Hakem Köşesi
Anket
AVES | Copyright © 2017 Türk Parazitoloji Derneği | Son Güncelleme: 06.07.2017